Bodo & Mecit: Gefangen im Viren-Narrativ
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Und der letzte Trick wird gelüftet" Die Kritik der Sequenzierung
[Teil 3/4]
Fehlerquellen in der Genomsequenzierung
Die Fehlerquellen der Sequenziermethoden sind vielfältig. Nur einige Beispiele:
Fehlerhafte Sequenzlesungen der DNA, wobei die Fehlerquote bei Nanopore auch heute noch um ein
vielfaches höher ist als bei NGS, und zum Teil auch heute noch
bei 10% liegt.
Alle Methoden benötigen ohne Referenzgenom eine Assemblierung, die immer fehleranfällig ist (Beispiel SARS-CoV-2 Trinitiy / Megahit Ergebnisse).
Sequenzkomplexität: Nanopore-Geräte haben Schwierigkeiten, bestimmte DNA-Strukturen zu sequenzieren,
insbesondere solche mit hohem GC-Gehalt. Dies kann zu unvollständigen oder fehlerhaften Sequenzinformationen führen.
Der DNA-Extraktions-Prozess
Die DNA wird in
zufälliger Reihenfolge sequenziert. Es ist
unbekannt, ob ein bestimmtes Fragment vom
Anfang, der
Mitte oder dem
Ende eines Genoms stammt.
